Tại Napoli vào ngày 15 tháng 8 năm 1790 theo sự uỷ nhiệm và ở Viên vào ngày 19 tháng 9 năm 1790 bằng trực tiếp, Ferdinando đã kết hôn với hai người vợ trong họ hàng là Công chúa Luisa Maria Amelia Teresa (Napoli, 27 tháng 7 năm 1773 - Viên, 19 tháng 9 năm 1802), con gái của Ferdinand I của Vương quốc Hai Sicilia và Marie Caroline của Áo.

Các con của họ:

1. Công chúa Áo Carolina Ferdinanda Teresa (Firenze, 2 tháng 8 năm 1793 - Viên, 5 tháng 2 năm 1802)
2. Hoàng tử Áo Francesco Leopoldo (Firenze, 15 tháng 12 năm 1794 - Viên, 18 tháng 3 năm 1800)
3. Leopold II, Đại Công tước xứ Toscana (1797–1870), làm Đại Công tước xứ Toscana trong khoảng thời gian 1824–1859
4. Công chúa Áo Maria Luisa Giuseppa Cristina Rosa (30 tháng 8 năm 1799 - 15 tháng 6 năm 1857)
5. Công chúa Áo Maria Theresa (21 tháng 3 năm 1801 - 12 tháng 1, 1855) kết hôn với Charles Albert xứ Sardinia.
6. Hoàng tử Áo không biết tên (19 tháng 9 năm 1802), ngoài ra họ còn các người con khác không được nhắc đến

Tại Florence ngày 6 tháng 5 năm 1821, Ferdinand kết hôn lần hai với Công chúa Maria Ferdinanda xứ Saxony (Dresden, 27 tháng 4 năm 1796 - Schloss Brandeis, Bohemia, 3 tháng 1, 1865), con gái của Maximilian, Hoàng tử xứ Saxony, (1759–1838) và vợ ông Caroline xứ Bourbon-Parma (1770–1804). Bà là người vợ duy nhất trong họ hàng mà ông li dị. Không có người con nào được sinh ra từ lần kết hôn thứ hai.